Каких функций и какого пакета? Парочку примеров можно привести?

Подозреваю, что вы просто бздун, который никогда современными дистрибутивами Linux'а  не пользовался и дрочащий на солнцеликие порты.

К сведению, в пакетных дистрибутивах
1. есть пакеты-альтернативы, при установке одной из которых сносится другой пакет,
2. есть опциональные пакеты, которые можно поставить и они добавят функциональности к основному пакету, но ставить эти пакеты не обязательно,
3. есть возможность собрать свой пакет с необходимыми опциями, хотя в этом необходимость возникает исчезающе редко - я пересобирал пакеты с какими-то другими опциями всего несколько раз за пятилетний стаж использования Debian (сейчас припоминаю только два случая - это были PPPoE-сервер, с поддержкой обработки пакетов в ядре и Lighttpd с gamin вместо famd),
4. есть возможность закрыть уязвимости в системе, не скачивая из интернета гигабайты исходных текстов по зависимостям и обновившимся зависимостям зависимостей, не грея процессор пересборкой и не очкуя разбираться с неудачной пересборкой.