> У меня:
> $ ls -l /etc/adjtime
> lrwxrwxrwx 1 root root 26 Янв 18 00:36 /etc/adjtime -> ../var/lib/hwclock/adjtime

А у меня это файл "из коробки".

Но если разобрать каждый отдельный случай
(я привел только два примера, их, конечно, больше), решение для них
наверняка найдется. Вопрос не в этом, а в том, что нет уверенности,
что нет четкой и ясной установки "наверху", т.е. среди разработчиков,
что в /etc писать от нечего делать не надо.
И нет никакой гарантии, что очередная поставленная софтина
не свалится. Нет такой уверенности и касательно дистрибутива в целом.

> Как раньше делали /usr/var ссылкой на /var.
> А /etc/mtab… уже не помню, что‐то помешало сделать также.

/etc/mtab - это чистой воды анахронизм. Есть /proc/mounts.
Кроме того, ядро знает, какие системы и куда подмонтированы,
спросить можно у него. Способов -- вагон и тележка.
Кстати, в BSD-ях /etc/mtab нет и в помине, потому
что он реально не нужен.