>А там пакеты бинарные? Если нет, то это же издевательство какое-то - ждать часами пока система обновится.

Там два вида бинарного обновления (а вместе с базовой системой — три).
Можно использовать обычное обновление ПО как в FreeBSD, а можно использовать windows-ориентированную систему обновлений на основе PBI-пакетов, последние не требуют разрешения зависимости от уже установленных библиотек, и программы из них устанавливаются в отдельный каталог, не "разрасывая" свои ошмётки по другим каталогам. Плюс PBI: можно быстро и безболезненно удалить, переустановить PBI-приложение. Минус PBI: теряется связность библиотек — при обновлении какой-то важной библиотеки и исправлении уязвимости, нужно будет проверить, входит ли она в установленные PBI-пакеты, найти и обновить эту библиотеку в подкаталоге PBI-программы, либо дождаться исправления в официальной версии PBI-пакета.

Установку программы не из PBI-репозитория никто не отменял.

Можно поставить локальную копию дерева портов:
% portsnap fetch
% portsnap extract

Установка из портов лучше всего выполнять в пять этапов:

1) Обновить локальную копию дерева портов:
% cd /usr/ports/ && chflags -R noschg * && portsnap fetch update

2) Обновить установленное ПО:
% portmaster -agD --delete-build-only

3) Определить, в какую категорию входит необходимое ПО и название каталога. Установить:
% portmaster -gD --delete-build-only x11/gnome2-lite

4) Прочитать, какие правки нужно сделать в конфигурационных файлах, чтобы запустить установленное ПО. Сделать их.

5) Перезагрузить систему, чтобы удостоверится, что всё работает без вмешательства пользователя.