Засорение панели задач - это фича Гимпа, а не MWI. Можно было бы сделать вспомогательные окна в виде tool windows, тогда бы они не отображались на панели задач, не получали бы фокус ввода при тыкании мышкой на одной из кнопок и переходили бы в foreground при клике на любом из рабочих окон гимпа. Но это ж гимп, в гимпе юзабилити не интересуются.