Есть такая проблема, сам искал решение. И оно есть.
Читайте http://www.uglyboxindustries.com/mod_clamav_new.html , там есть такие слова:"Warning: If you are using a newer version of ClamAV, such as 0.88, then there was a newly introduced timeout for sessions, which causes this module to experience problems." и ссылка на дискуссию. Из ответа авторов Clamav следует, что таймаут убрали в девелоперской версии. Я скачал ее из cvs, пересобрал пакет с ней под свой ASPLinux 7.3SE. Во первых, там отныне есть поддержка rar версии 3. Без всяких патчей. Изменен формат конфигурационного файла - теперь требуется в булевских переменных ставить yes/no, убрана переменнаяя ScanRAR. И главное - действительно убраны тайм-ауты, теперь mod_clamav великолепно работает (файлы содержащие вирусы уничтожаются). У меня еще включен модуль mod-md5fs, так после закачки на сервер тестовых файлов (псевдовирусов) остаются только файлы содержащие контрольные суммы md5. Хорошо так же, что теперь не остается директорий tmp, которые генерировались в ранних версиях mod_clamav.