Очень с большим трудом смог извлечь какой-то смысл из написанного. Основной посыл в любом случае ускользнул от меня. Прокомментировал то, что понял.

> универсальное гуи правильнее, так как контролировать версию либПНГ в составе браузера проще, чем в составе отдельных приложений на бог знает какой древней версии того же браузера

Речь про android или про десктоп? Если первое, то ты, увы, ничего там не контролируешь в плане того, что с чем собрано. Если десктоп, то да, за этим в принципе можно следить, но если автор приложения бандлит либу (линкует статически) на этапе сборки - ты тоже ничего с этим не сделаешь.

> универсальный протокол обмена, тоже правильнее

Это в смысле "ура http, нафиг всё остальное"? Это отнюдь не всегда так.

> так как позволяет вмешиваться и вырезать рекламу

Для десктопа неактуально, кажется. По крайней мере, в свободном/опенсорсном приложении.
На мобиле мне было проще найти приложения без рекламы, под свои скромные задачи (читать fb2/pdf, смотреть сайты).

> Оптимизация дело техники [и далее по тексту]

Тут я уже совсем ничего не понял. Но точно могу сказать, что гэбэшникам абсолютно всё равно, слушать трафик между приложением и сервером или браузером и сервером.
В любом случае, всё упирается в то, можно ли за разумное время расшифровать этот трафик или нет.