зачем их заменять? От такой замены файлы сами не перепрыгнут на новые пути.
эти макросы нужны, когда ты их используешь в параметрах сборки (аргументах configure, к примеру), чтобы если в системе вдруг кому-то придет в голову глобально поменять datadir, не менять в каждом спеке в десяти местах, но и польза их крайне сомнительна - далеко не каждая автоконфигуряемая программа учитывает эти параметры, а менять отлитое в камне fhs вряд ли кто-то в здравом уме станет.

relocatable rpms делаются по-другому, и они уже двадцать лет как немодно. Сомневаюсь что современный rpm вообще соберет такой спек правильно.

если по человечески, то еще иногда нужны %config/%doc и %ghost, но этом можно и sed'ом поверх find'а, и результат, как правило, будет вполне правильным - нынче все следуют fhs.