> Нет, лишнее отключается

нихрена там не отключается. Он вообще не умеет такую сборку - весь миллиард экзотических архитектур всегда собирается.
> man src.conf

ты сам-то его читать - пробовал?
Нет там нихрена (потому что у апстрима нет). Можно выключить ненужно-lld (сэкономит две секунды и вполне вероятно приведет к проблемам в будущем, когда все же научится линковать freebsd, и совместимость с gnu ld тут же сломают) и какие-то совсем причудливые вещи ARCMigrate, Rewriter and StaticAnalyzer (из которых понятно только последнее, и тоже даром не нужно), которые тоже экономят максимум несколько минут. Основное время идет на libclang, libllvm и еще какие-то его внутренние детали, линкующиеся к любому из его бинарников. Большая их часть - это именно генерация/оптимизация под миллиард ненужно-архитектур. Оно вот так у эпла устроено, и они не видят в этом проблемы - "а вдруг мне захочется собрать бинарник под хрень-брень-никто-никогда-не-видал-все-равно-не-заработает".

> Ты там что то не правильное делаешь.

просто некоторые понимают, что они делают - а ты нет.
Содержимое cddl/zfs - общее для userland и ядра, поэтому если в нем ковыряться - пересобирается не ядро, а и ядро, и (если умеешь) пачка бинарников. (если не умеешь - world)

> Если отключить все ненужные модули, как ,например, у меня тут:

молодец, победил zfs.
А мне вот только она в основном и нужна. Кстати, хрена с два ты угадаешь, какие модули для нее "нужные". (особенно приятно, когда из-за очередного MFV "нужных" внезапно удваивается. Нет, оторвать не получится, новое поколение девелоперов не умеет ifdef)

> Ещё у меня кастомный конфиг ядра, тоже без лишних модулей.

я надеюсь, ты в курсе про платформо-независимый конфиг, включающийся по умолчанию? ;-)
Правда, оверрайды в make.conf его перекроют, в части модулей.

Но, опять же, если ты занимаешься даже не "разработкой", а просто ловлей блох - собирать что-то нестандартное, не требующееся по ТЗ - значит, очень вероятно, произвести патч, в одном месте что-то чинящий, в десяти - ломающий.