какая разница, где обидает post-remove скрипт, внутри виндового инсталлятора или *никсового пакета? если там в скрипте написано подчистить за собой временные файлы и т.п. -- он подчистит их

единственный значимый плюс, что в некоторых дистрах можно выбрать удалять ли конфиги вместе с пакетом или нет, а на винде это может быть реализовано только в самом ан-инсталлере

про удаление самих файлов пакета я даже и не говорю: почти любой виндовый анинсталлер это делает автоматом на основе того, какие файлы были изначально установлены.

т.е. в теории ты где-то и прав, но на практике разница не столько существенна