> Чем он нарушает init freedom?

Безальтернативным навязыванием себя в качестве основы постоения GNU/Linux-систем.
- Его разработчики отличились жёсткой зависимостью logind от systemd-as-pid1, в связи с чем у GNOME (который в большинстве дистрибутивов является DE по умолчанию) был период, когда он не мог работать без systemd вообще.
- Проект поглотил udev, который также использовался по умолчанию в большинстве дистрибутивов. Хотя разрабочики заверяли, что не планируется слияние udev с systemd, на деле через два года именно это и произошло.

Это только два примера, и это только политические причины исключения systemd из списка свободных инитов, непосредственно касающиеся нарушения Init Freedom. На деле же причин гораздо больше. Вы можете почитать о них, например, в этой статье:
https://www.opennet.ru/base/sys/systemd_myth.txt.html

> В чём заключается freedom init-a ?

Init Freedom заключается в возможности замены одной системы инициализации на другую посредством пакетного менеджера.