> я когда писал себе операционную систему сделал системные вызовы вообще вот так:

Ну, блин, твоя операционная система только тебе и нужна. А в полезном на практике пингвине - posix. Он местами дурной и местами кривой, типы данных неважные, и вообще. Но сильно менять уже никто не будет, потому что тогда придется переписывать весь софт.

И не в обиду тарабарщину вида static inline __attribute__((always_inline)) u32_u32 занимающую полстроки можно было заменить каким-нибудь макросом, чтоли. А asm - вообще непортабельно и убивает весь пойнт Си.

> проблемы в С обычно находятся там, где человек уже перестает ясно понимать логику работы.

Это обычно случается если человек лабух и не смог вовремя осознать что софт надо разбивать на отдельные логически независимые компоненты.

> В питоне, насколько я помню, примерно там же. То есть дело вряд-ли конкретно в языке.

Это во всей разработке софта так - зависимость сложности написания от размера примерно квадратичная. Но это лечится, если програмер не лапух и допирает до упомянутого выше. Правда потом оказывается что между компонентами взаимодействие и оно тоже может глючить. Но это все-таки лучше квадратичной зависмости.