Ну, об этом "advantage" я упоминал - и в конце концов стало общепризнанным, что Prototype.js, который на этом построен - плохая штука. Как бы не в 99% случаев любые фокусы вроде "extended in runtime" - это поиск проблем в поддержке. И вот то, что в этом ответе перечисляется - как раз оно. Это аргументы хакера, который в одиночку колдует над хитрым кодом, понятным только ему, причём понятным полностью.

Я так понимаю, что JS перерос прототипную модель. Когда тебе нужен сравнительно мелкий скрипт - можно написать какой угодно гениальный код. Но когда у тебя большое приложение или куча third party компонент (а сейчас на сайте десяток чужих библиотек подтянуть - норма, причём они постоянно меняются) - игры с прототипами становятся слишком рискованными.