создаём FIFO-файл:
   mkfifo bmovl

подготавливаем ваш логотип:
   convert logo.png logo.rgb

запускаем mplayer:
   mplayer -vf bmovl=0:1:./bmovl videoclip.avi

пока запущен mplayer делаем следующее:
отсылаем в FIFO параметры логотипа (см. man)
первые две цифры,- его разрешение, необходимо указать точно!
   echo "RGB24 24 24 10 10 0 1" > bmovl

и сразу кидаем в FIFO ваш логотип в формате RGB:
   cat logo.rgb > bmovl

URL:
Обсуждается: http://www.opennet.ru/tips/info/1365.shtml

• Пример добавления лого в видео с помощью MPlayer'а,past, 15:27 , 31-Янв-07
• Пример добавления лого в видео с помощью MPlayer'а,Andrs, 16:58 , 31-Янв-07
  • Пример добавления лого в видео с помощью MPlayer'а,kite, 04:40 , 02-Апр-10

Какой ман читать-то?

А полупрозрачный как сделать?

ато PNG прозрачный, а в видео черное....

Для прозрачного логотипа используйте альфа-канал:
convert logo.png logo.rgba
mplayer -vf bmovl=0:0:./bmovl videoclip.avi
echo "RGBA32 24 24 10 10 0 1" > bmovl && cat logo.rgba > bmovl