use constant TIMEOUT => 1;
eval {
   local $SIG{ALRM} = sub { die "timeout during sysread\n"; };
   alarm(TIMEOUT);
   $read_flag = sysread($filehandle, $c, 1);
   alarm(0);
};

URL:
Обсуждается: http://www.opennet.ru/tips/info/308.shtml

• Как ограничить время выполнения Perl блока таймаутом,Alex, 07:05 , 10-Сен-03
• Как ограничить время выполнения Perl блока таймаутом,Дмитрий, 02:19 , 15-Июл-06

Применение конечно намного шире нежели чем просто "die" внутри eval. Каждый новый alarm отменяет действие предыдущего и переустанавливает счетчик "секунд". Значение 0 отменяет alarm вообще.
Не всегда alarm корректно отрабатывает под mod_perl.  В каждом случае надо пробовать отдельно.

Спасибо алекс