mcrypt (http://mcrypt.sourceforge.net)

Зашифровать:
   mcrypt data.txt
      Enter passphrase:
Расшифровать:
   mcrypt -d data.txt.nc
      Enter passphrase:

openssl (http://www.openssl.org)

Зашифровать:
   openssl enc -aes-256-cbc -salt -in file.txt -out file.out
      Enter aes-256-cbc encryption password:
Расшифровать:
   openssl enc -d -aes-256-cbc -in file.out
      Enter aes-256-cbc encryption password:

URL: http://www.cyberciti.biz/tips/linux-or-unix-password-protect...
Обсуждается: http://www.opennet.ru/tips/info/1019.shtml

• Как зашифровать файл используя mcrypt или openssl,s2, 17:06 , 16-Май-06
• Как зашифровать файл используя mcrypt или openssl,Abigor, 11:09 , 30-Май-06
  • Как зашифровать файл используя mcrypt или openssl,Вова, 16:03 , 31-Май-06
  • Как зашифровать файл используя mcrypt или openssl,illi, 12:49 , 06-Июн-06
  • Как зашифровать файл используя mcrypt или openssl,том, 16:32 , 22-Май-09

Расшифровать:
openssl enc -d -aes-256-cbc -in file.out -out file2.txt
Enter aes-256-cbc encryption password:

а как папку закриптовать?

заtarь папку и шифруй

можно, ессно, и не таря -
encryption of directories in linux
http://answers.google.com/answers/threadview?id=29290

>а как папку закриптовать?