Состоялся (http://ugene.net/ru/news.html) релиз UGENE 1.25 (http://ugene.net/ru/), пакета для работы молекулярного биолога, предоставляющий инструменты для множественного выравнивания нуклеотидных и аминокислотных последовательностей, филогенетического анализа, редактирования и аннотирования нуклеотидных и белковых последовательностей, поддержания биоинформационной базы данных, визуализации, поиска геномных вариаций, работы с хроматограммами и многого другого (http://ugene.net/ru/key_features.html). Исходные тексты UGENE распространяются (http://ugene.unipro.ru/ru/download.html) под лицензией GPLv2, сборки доступны для Windows, macOS и Linux.В новом выпуске для NGS добавлена возможность фильтрации прочтений, не имеющих пары, при картировании парных прочтений на референсную последовательность (с помощью BWA, Bowtie2 и т.п.). в В диалогах настройки схем анализа сырых данных NGS добавлен расширенный набор параметров для обрезания адаптерных последовательностей (5′-адаптеры, 3′-адаптеры, 5′- и 3′-адаптеры). В Assembly Browser выполнена оптимизация вычисления покрытия. Продолжается работа над новой функцией UGENE для удобной визуализации и анализа данных секвенирования по Сэнгеру.
URL: http://ugene.net/ru/news.html
Новость: http://www.opennet.ru/opennews/art.shtml?num=45314
10 молекулярных биологов из 10
Кто-то юзает вообще эту программу?
Зачем эта новость на рускоязычном ресурсе? Разве в России есть молекулярные биологи?
Тоньше надо, сударь.
Ноосферологи точно имеются.
Лично знаю пару аспирантов. Кстати, по их мнению нормальный софт для проведения исследований в области микробиологии есть только в *nix. Используют ли они сабж - не в курсе...
Институт Биоинформатики? Не, не слышал. Куда тебе.
Наличие института не говорит о наличии спецов.
В некоторых областях (те же бактериофаги) — так бСССР и впереди планеты всей, есичо, до сих пор. Во всяком случае, этим летом у супруги на конференции в Ливерпуле граждане из США и З.Европы так с удивлением и спрашивали: "Что, прямо можно пойти в аптеку, и купить бактериофажный коктейль?!". У них-то в свое время посчитали, что антибиотики — решение всех проблем, и альтернативные подходы покоцали.
Тема сейчас очень горячая, в связи с широким распространением резистентности бактерий к антибиотикам.
Вдруг кто-то заинтересуется, прочитав эту новость, окунётся в эту область. И появится такой спец :)
> окунётся в эту область. И появится такой спецИМХО, туда уже проблематично залезть. Лет 10 назад еще прокатывали случаи, когда строитель или программист занимались фолдингом белков или секвенированием ДНК. Сейчас готовят нормальных специалистов, которые шарят в биологии/химии, которым можно доверить проведение экспериментов на живых организмах и которые в состоянии написать скрипт на питоне для обработки результатов.
Т.е. люди со стороны уже типа не очень нужны, а новые специальности вряд ли страдают недобором...
> ИМХО, туда уже проблематично залезть.Биоинформатиков готовят — только шум стоит. Шум от публикаций и последующего обсуждения.
> Биоинформатиков готовят — только шум стоит. Шум от публикаций и последующего обсуждения.... правда, опять же со слов супруги, UGENE не слишком удобен/привычен для её собственных задач. Я ей все предлагаю как-нибудь выйти из института, пройти 200 метров до здания, где этот UGENE пишут и высказать все свои претензии лично :)
Приходите! Пишите! Мы будем очень рады отзывам и любым предложениям и пожеланиям.Писать можно вот сюда: ugene@unipro.ru
Благодаря Вашим отзывам мы становимся лучше.Спасибо!