"Impact of logging on MySQL’s performance (http://www.mysqlperformanceblog.com/2009/02/10/impact-of-log.../)" - оценка влияния интенсивной записи логов на производительность MySQL. В итоге сделан вывод о том, что ведения лога медленных запросов, выполняющихся более 1 сек., почти не влияет на производительность. Система с БД размером 1.3 Гб с включенным отражением в логе всех запросов при 20 одновременных коннектах оказалась примерно на 20% медленнее, при 100 - на 6%. При увеличении размера базы  до 10 Гб, различия стали почти незаметны и не превышали 5%.

URL: http://www.mysqlperformanceblog.com/2009/02/10/impact-of-log.../
Новость: http://www.opennet.ru/opennews/art.shtml?num=20240

• Оценка влияния интенсивной записи логов на производительность MySQL,kay, 11:52 , 13-Фев-09
  • Оценка влияния интенсивной записи логов на производительност...,kay, 11:52 , 13-Фев-09
    • Оценка влияния интенсивной записи логов на производительност...,kay, 11:53 , 13-Фев-09
  • Оценка влияния интенсивной записи логов на производительност...,Аноним, 11:55 , 13-Фев-09

враньё. база весит 2 гига. влючение и выключение mysql_slow_query + queries with no indexes - никак не влияет на производительность.

коннектов около 50-ти

да, и логи пишутся на отдельный винт.

>враньё. база весит 2 гига. влючение и выключение mysql_slow_query + queries with
>no indexes - никак не влияет на производительность.

Там так и написано "ведения лога медленных запросов, выполняющихся более 1 сек., почти не влияет на производительность". 1 сек - это минимум для mysql_slow_query. А вы попробуйте включить сохранение всех запросов.