Всем спасибо за ответы, все изучить не успел, но информация полезная по ссылкам.1. Мой проект - это cgi приложение, поэтому его компилировать не нужно, и соответственно нет возможности прописать путь к нужной версии openssl (либо я просто не знаю как), тем более что обращения к шифрованию будут инициироваться каким-то модулем perl(как раз подыскиваю подходящий).
2. посмотрел кратко об альтернативах, но насколько понял эта технология позволяет лишь назначить приложение по умолчанию из некоторого числа имеющихся, и чтоб использовать альтернативное - его следует назначить основным. Думаю если я правильно понял суть, то для меня это будет затруднительно каждый раз при запуске приложения менять основное на альтернативу и потом обратно.
Получается что если это будет выделенный сервер специально под одно приложение то целесообразнее удалить штатную openssl и заменить на нужную. Жаль, я планировал использовать сервер под иные приложения тоже. Да и как вы правильно заметили некоторые приложения возможно не смогут работать.
3. Работа будет организована так:
на сервере будет вращаться apache и обслуживать приложение использующее openssl для шифрования документов, неплохо было бы не вмешиваться в работу остальных системных задач заменяя библиотеки на свои во избежании сбоев, а использовать нужное по требованию приложения. Поэтому и вопрос, можно ли сделать чтоб система использовала штатную версию, а программа патченую?