diff <(cat file1 | sed '1,2d') <(cat file2 | sed '1,2d')

> Есть небольшая проблема - иногда
> изменений нет нессколько дней, но каждый день программно в начало файла
> вносится дата. В результате, ежедевно ложится в хранилище пустой по смыслу
> дифф.

Почему же пустой по смыслу? Это железное свидетельство, что изменений не было. И весит копейки.
Хотя, может быть, для вашей задачи это не релевантно.

> Добрый день всем!
> Есть текстовый файлик на пару сотен тысяч строк, в который команда периодически
> вносит изменения. Делается ежесуточный бэкап всего этого, но для понимания суточных
> изменений решили хранить отдельно суточный diff. Есть небольшая проблема - иногда
> изменений нет нессколько дней, но каждый день программно в начало файла
> вносится дата. В результате, ежедевно ложится в хранилище пустой по смыслу
> дифф. Курил ман, искал в гугле - не нашёл, как можно
> пропустить 1-2 первых строки средствами diff-а? Подскажите, кто знает, плз. Пока
> удаляем строку с датой. Но мне кажется, это не правильно.

man diff:
...
       -I, --ignore-matching-lines=RE
              ignore changes where all lines match RE
...

читаю маны вслух с выражением. недорого.

Использовать правильный инструмент для хранения текстогого файла, например Git, c добавлением наример git-commit-notifier, и получать сразу красиво оформленный диф по почте

> иногда изменений нет нессколько дней, но каждый день программно в начало файла
> вносится дата. В результате, ежедевно ложится в хранилище пустой по смыслу дифф.

Приходит к тебе начальник и говорит, " - скажи когда у нас не было изменений?"
А ты, - опа,%"№"%4ъыыы*?(?%:омнономном(%;?дык,это,пррррр,вротмненоги.